De industrielle arbejdsprocesser til behandling af kaffebønner skal ske umiddelbart efter høsten, ellers gærer frugtkødet og produktet fordærves. Kaffebønner kan behandles med den tørre eller våde metode.
Når kaffebønnerne behandles efter den tørre metode, får man den kaffe, der i fagsproget betegnes som "naturlig" kaffe. De høstede kaffebær tørres af solen i ca. 4 uger på ca. 50m² store flader pr. plantagehektar. For at sikre, at de tørrer ensartet, skal de vendes med jævne mellemrum. De tørre frø skrælles maskinelt ved at lade dem løbe gennem to valser, der er placeret i en kalibreret afstand, så bønnerne falder ud. Bønnerne adskilles fra skallerne gennem sigter.
Med den våde metode får man en kaffe, der i daglig tale betegnes som ""vasket"". Frugterne forrenses groft og blødes op i vand i 36 timer. De modne frugter synker til bunds i bassinet (immersion) og umodne eller overmodne kaffebær svømmer på overfladen. For at adskille frugtkødet fra kernen, presses de modne kaffebær enten gennem en sigte, eller findeles gennem valser.
Det slimlag, der er tilbage på kernen, fjernes ved hjælp af fermentering. Derefter skylles fermenteringsresterne væk med masser af ferskvand.
På grund af det store forbrug af vand, kan den våde metode med fermentering ikke anvendes til kaffe med et krav om bæredygtighed, selvom der skabes en kvalitetsmæssigt bedre rå kaffe. I mellemtiden er maskiner også i stand til at erstatte fermenteringen.
Under poleringen fjernes kaffebønnens sølvhinde. Den ser ikke kun uskøn ud på bønnen, men kan også påvirke aromaen under ristningen. Ikke alle producenter af rå kaffe polerer deres kaffebønner.
Efter behandlingen af den rå kaffe bliver den klassificeret. Da dette sker ved hjælp af forskellige metoder, som f.eks. ved at sigte den, eller ved hjælp af en visuel kontrol, søges der samtidigt også automatisk efter fremmedlegemer. Små grene, sten, skalrester, eller andre fremmedlegemer, frasorteres. At der alligevel en gang imellem er noget, der kan slippe gennem den afsluttende kontrol af naturproduktet kaffe, viser det faktum, at næsten enhver kaffemølle i en fuldautomatisk kaffemaskine har en stengenkendelse.
